Zarząd Województwa Mazowieckiego pełni rolę Instytucji Zarządzającej (IZ) regionalnym programem oraz instytucji certyfikującej wydatki w ramach funduszy europejskich. Wdrażanie programu należy do Mazowieckiej Jednostki Wdrażania Programów Unijnych (osie priorytetowe I-VII i IX-X), Wojewódzkiego Urzędu Pracy w Warszawie (oś priorytetowa VIII) oraz Miasta Stołecznego Warszawa (projekty w ramach Zintegrowanych Inwestycji Terytorialnych dla Warszawskiego Obszaru Funkcjonalnego – ZIT WOF). Instytucje zajmujące się wdrażaniem programu określa się mianem Instytucji Pośredniczących (IP).
